Pojem otevřená věda si mnoho aktivních vědců a vědkyň spojuje s publikováním v open access časopisech a s data management plány pro správu výzkumných dat. Otevřená věda ale není jen tyto dvě složky, je to celý systém hodnot zasahující hodnocení výzkumu, publikování, technologie, ale i kariéry.
Ukazuje se tak, že pokud chce Česká republika podporovat otevřenou vědu, bude muset koordinovaně změnit celý systém, nikoliv jen v projektech nařídit povinnost publikovat v open access časopisech. A bude se muset změnit i systém hodnocení výzkumu.
Dosavadní spíš nekoordinovaný přístup totiž vede k protichůdným požadavkům. Výzkumníci a jejich instituce se na jedné straně cítí zavaleni povinnostmi – publikovat v otevřených časopisech, investovat čas a peníze do infrastruktury datových repozitářů a vzniku nové odbornosti data stewardů – a na straně druhé chybí koncepce a komunikace širšího smyslu otevřené vědy jako hodnoty ve výzkumu. To vede k odporu a nízké informovanosti samotných vědců, kteří jsou pak k otevřené vědě často skeptičtí a mají k ní předsudky a nejsou zvyklí využívat odbornosti výzkumných manažerů a specialistů na otevřenou vědu.
Dagmar Hanzlíková, vedoucí Centra pro podporu open science Univerzity Karlovy, to dokládá svou zkušeností: „V České republice se open science často řeší pouze z pohledu otevřeného přístupu k publikacím (open access) a správy a sdílení výzkumných dat, a to ještě z pohledu financování. Open science však není pouze o přístupu k výsledkům výzkumu, ale klade také velký důraz na transparentnost a důvěryhodnost výzkumu a vědeckou integritu (research integrity), což jsou myšlenky, které se v české implementaci a diskuzi často vytrácí. Zároveň je třeba komplexní změny systému, včetně hodnocení výzkumu a výzkumníků – systém, ve kterém jsou výzkumníci bonifikováni za vysoké množství publikací ve vysokých kvartilech a zároveň mají povinnost okamžitého otevřeného přístupu bez podpůrné legislativy (např. secondary publishing rights) nemůže fungovat dobře.”
Přečtěte si také
České vědecké instituce jsou v sevření protichůdných pravidel: někteří poskytovatelé po nich chtějí zpřístupnění článku v režimu Open Access s licencí CC-BY bez embarga, ovšem zákon jim na rozdíl od jiných evropských zemí oporu nepřináší. Instituce se tak vystavují riziku případných soudních sporů s vydavateli vědecké literatury.
Nové paradigma vědy, která musí znovu obhajovat důvěryhodnost
Vědecký systém musí přirozeně reagovat na výzvy současného světa. Dynamické geopolitické souvislosti posledních let během poměrně krátké doby změnily paradigma vědecké komunikace: věda musí v důsledku geopolitických událostí (válka na Ukrajině, pandemie covid-19, situace v USA) i dezinformací znovu obhajovat své postavení ve společnosti.
Otevřená věda je proto vnímána jako součást nového paradigmatu, ne-li přímo jako nástroj jeho prosazování. Konkrétně má přinášet lepší komunikaci vědecké komunity s veřejností, zákonodárci, státem. Dagmar Hanzlíková to upřesňuje: „Řada principů, které open science přináší, má za cíl posílit vědeckou integritu a důvěryhodnost vědy prostřednictvím transparentního sdílení nejen výsledků výzkumu, ale také podkladových dat, zdrojových kódů či metodologií, prostřednictvím zapojení veřejnosti do výzkumu (citizen science), a prostřednictvím zavádění praktik (např. předregistrace, registered reports), které se snaží omezit nekalé praktiky ve výzkumu jako je p-hacking, HARKing apod.”
Přírodovědec a vedoucí Discuri centra na Masarykově univerzitě Peter Fabian považuje otevřenost a komunikaci za samozřejmou nutnost současné vědy. „Vím, že to některým kolegům a kolegyním může připadat podivné, ale sdílení dat a kódu (na GitHubu), blog k článku nebo rozhovor s novinářem pro mě nejsou dobrovolným nadstandardem – jsou součástí práce. Věda je financována společností a měla by s ní komunikovat. Důvěra ve vědu se dnes nebuduje sama od sebe,“ myslí si přírodovědec.
Kde se vzala myšlenka otevřeného přístupu?
Ač otevřenou vědu nelze omezovat na debatu nad kvalitou open access časopisů, tak dnešní chápání otevřené vědy u otevřeného přístupu k publikacím začalo, tak se na něj blíže podívejme. Publikace vždy byla a je nejdůležitějším prostředkem vědecké komunikace. Slouží jako náměstí, kde se vědci a vědkyně mohou setkávat a hovořit stejným jazykem. Vydavatel zajišťuje pro odborné texty recenze (peer review), které píšou jiní vědci z oboru, a které jsou nezbytné pro udržení kvality vědy. V klasickém modelu si vydavatel za tuto práci nechává platit formou předplatného časopisu, recenzentům pak zpravidla za tuto práci neplatí, jde o čestnou funkci.
To je podle některých vědců absurdní situace, protože vědci v časopisech sami vytvářejí obsah, recenzují ho, garantují tak jeho kvalitu a potřebují jej pro další výzkum. „Situace, kdy vědkyně a vědci sami tvoří obsah, recenzují ho zdarma a pak za přístup k němu platí, je paradox, který v biologii cítíme velmi konkrétně. Klíčové databáze a časopisy, bez nichž se v oboru nelze pohybovat, drží v rukou několik velkých vydavatelů. Instituce, které si předplatné nemohou dovolit, jsou de facto vyřazeny z vědecké komunity – jejich výzkumníci a výzkumnice nemají přístup k literatuře a jejich práce není vidět. To samo o sobě prohlubuje nerovnosti mezi pracovišti,” myslí si Peter Fabian.
Prudce se zvyšující ceny předplatného opravdu vedly k tomu, že řada vědeckých institucí se tak dostala do situace, kdy již neměla na takto drahé předplatné zdroje. Dalším problémem pak byla v některých případech pomalá konverze od autorského textu k finálnímu článku. Proto se objevila myšlenka repozitářů, kde by vědci své texty publikovali zdarma.
Přestože základ nejznámějšího repozitáře pro volně dostupné vědecké preprinty (vědecké autorské texty před recenzí), později nazvaného ArXiv, vznikl již v roce 1991, za počátek skutečného hnutí za otevřený a okamžitý přístup k informacím se považuje až dokument Budapest Open Access Initiative z roku 2002. Ve stejném roce vzniká i systém licencí Creative Commons. Budapešťská iniciativa poprvé definovala dvě možná hlavní řešení otevřeného přístupu, tj. zelenou (repozitáře) a zlatou cestu (otevřené časopisy). Komunita signatářů následně rozvíjela ideový systém, ale i nástroje pro otevřený přístup, jako jsou databáze časopisů, repozitáře, registry a infrastruktury repozitářů a technické nástroje pro získávání metadat. O rok později, v roce 2003, vzešla z prestižní německé vědecké instituce Max Planck Gesellschaft Berlínská deklarace o otevřeném přístupu ke znalostem v přírodních a humanitních vědách. Ta vyzvala k svobodnému šíření znalostí čili v praxi zpřístupnění textů vědeckých publikací prostřednictvím internetu jako média.
Cesty k otevřené vědě
Jaké jsou možné cesty k otevřené vědě v otázce publikací? Pojďme si je ještě jednou představit a shrnout:
Zelená cesta předpokládá šíření preprintů i finálních recenzovaných textů formou specializovaných databází (repozitářů). Vědci mají k dispozici mnoho repozitářů, ale také technologie umožňující jejich propojení i těžení dat z nich, a díky tomu vytváření různých nadstaveb. Jedním z takových repozitářů je již zmíněný ArXiv, dále například zejména v Evropě široce využívaný Zenodo, případně oborové modifikace repozitářů, jako je BioarXiv.
Repozitáře však mnohdy vytvářejí i samotné instituce pro interní ukládání plných textů, například Repozitář v Informačním systému Masarykovy univerzity. Na stejné platformě je postavena i služba repozitar.cz, kterou již využívá více než 30 vzdělávacích institucí. Problémem však zůstává jejich diverzita a nedostupnost konsolidovaných metadat.
Pro využití zelené cesty jsou však komplikací podmínky některých vydavatelů, kteří pro vydané články v předplácených časopisech stanovují časové embargo na jejich zveřejnění v repozitáři, které se pohybuje od půl roku až třeba do dvou let, což pochopitelně komplikuje okamžitý otevřený přístup k aktuálnímu výzkumu.
Zlatá cesta naopak předpokládá, že budou vědecké články otevřené všem ihned po zveřejnění a odpadne tedy nutnost placení předplatného. Za účelem přechodu na tento model byly s vydavatelskými domy uzavřeny transformační smlouvy.
Odstranění monopolu časopisů a snížení nákladů nicméně nenastalo. Vydavatelé inkasují poplatek, tzv. Article Processing Charge (APC) za každý publikovaný článek, obvykle ze zdrojů pracoviště autora. Mnohé časopisy přešly do režimu zlaté cesty celé (tzv. gold časopisy), některé umožňují hybridní režim. Změnil se tedy pouze obchodní model a vydavatelé hybridních časopisů naopak dokonce mohou navyšovat svůj zisk dvojími příjmy jak z předplatného, tak z APC poplatků, pokud nebyly adekvátně sníženy.
Zlatou cestu proto považuje mnoho vědců i vědeckých manažerů za slepou cestu v misi za otevřený přístup. Ceny APC poplatků jsou u prestižních časopisů závratné. U časopisů rodiny Nature rostou až k 11 tisícům eur, ale běžně se pohybují kolem 3500 eur za článek.
„Zlatá cesta je dobrá myšlenka, ale velmi problematický obchodní model. Platit 11 tisíc eur za článek v Nature nedává z hlediska systému smysl nikomu kromě vydavatele. Zelená cesta je legální, pokud ji stát právně podpoří. Diamantová cesta závisí na existenci sponzora, který redakční a vydavatelský proces hradí. Jenže dokud kariéra vědce závisí hlavně na tom, kde publikuje, a ne na tom, jak jsou výsledky dostupné, bude touha publikovat v nejprestižnějších časopisech vždy silnější než princip otevřenosti,“ říká Martin Svoboda, bývalý ředitel Národní technické knihovny, která stojí v čele Národního centra CzechELib, které pro české instituce dojednává předplatné a smlouvy s vlastníky elektronických informačních zdrojů, poskytuje v rámci transformačních smluv tzv. tokeny, což jsou v podstatě poukazy pro úplně bezplatné, anebo se slevou vydávané open access články se smluvními vydavateli (bezplatné pro výzkumné instituce, nikoliv doopravdy bezplatné, neboť poplatky hradí v rámci předplatných právě Národní technická knihovna jako provozovatel CzechElib).
Je však běžné, že při vysokém zájmu se počet tokenů přidělený na instituci poměrně rychle vyčerpá. Instituce přidělují tokeny výzkumníkům na základě různých strategií. Někde funguje princip „kdo dřív přijde“, ale například na Masarykově univerzitě se požadavky na tokeny ještě filtrují podle prestiže časopisu. Takto postavené smlouvy nicméně spíše upevňují postavení velkých vydavatelů a v celkovém pohledu nesnižují náklady na publikování.
Náklady na APC poplatky se v projektech obvykle plánují podle předpokládaného počtu článků, které mají být výstupem projektu. Mimo zdroje z projektů některé instituce vytvářejí fondy pro APC poplatky, které jsou ovšem při výši těchto poplatků omezené a na všechny se nedostane. Vysoké publikační náklady jsou kontroverzní z hlediska nakládání s veřejnými prostředky nejen u nás, ale i v zahraničí.
Přečtěte si také
Řešitelé půlmiliardových projektů z výzvy OP JAK Špičkový výzkum, která měla celkovou alokaci 12,2 miliardy, vyzývají Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy, aby změnilo přísně nastavená pravidla ohledně Open Access publikací, které jsou podle nich příliš drahé a financují zisky vědeckých vydavatelství. Poplatky za tyto publikace budou stát 220 milionů korun, které by dle vědců mohly být využity účelněji. K předání výzvy dojde 19. 9. 2025 na zasedání Rady pro výzkum, vývoj a inovace a o týden později přímo na ministerstvu.
Jak otevřenou vědu podporuje Evropa a Česká republika?
Na evropské úrovni existují snahy formálně integrovat otevřený přístup do publikačních strategií. Již od 7. rámcového programu (2007–2013) existovala povinnost režimu otevřeného přístupu pro vybrané vědní obory. Evropská komise požadavky postupně zpřísňovala. Aktuální program Horizont Evropa (2021–2027) vyžaduje povinný otevřený přístup pro všechny recenzované publikace s důrazem na režim nejvolnější licence CC-BY. V roce 2018 byl Evropskou komisí a Evropskou výzkumnou radou (ERC) vyhlášen plán na vytvoření konsorcia cOAlition-S, který kladl zpřísněné požadavky na publikace z projektů podpořených členy konsorcia. Tzv. Plan S deklaroval mít všechny publikace podpořeny veřejnými prostředky v souladu s open access principy do roku 2021. Do konsorcia vstoupila řada evropských i světových poskytovatelů grantů, včetně třeba UK Research and Innovation (UKRI), Swiss National Science Foundation (SNSF) nebo polské National Science Centre.
V ČR přejalo metodiku cOAlition-S Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy v podmínkách pro publikace podpořené z projektů OP JAK Špičkový výzkum. Údajně kvůli nejednotnému postoji českých poskytovatelů k open access se MŠMT v přípravě projektových podmínek inspirovalo pravidly pro Horizont Evropa. MŠMT ve výzvě na projekty OP JAK nejprve natvrdo umístilo povinnost publikovat v časopisech bez výjimky ve zlatém režimu (gold open access) s licencí CC-BY. Všechny podpořené projekty si na APC poplatky v souhrnu požádaly o 220 milionů korun (MŠMT nestanovovalo povinné počty publikací, záleželo na každém projektu, kolik publikací si závazně stanoví), o dalších 144 milionů na publikace pak žádaly projekty ve výzvách pro humanitní vědy a mezisektorovou spolupráci. Jakkoli nelze pochybovat o tom, že MŠMT tím zamýšlelo přispět k závazku otevřeného přístupu, ve vědecké obci tento krok zapůsobil přinejmenším kontroverzně.
Mnoho řešitelů na veřejném slyšení v září 2025 protestovalo proti neúměrným nákladům z veřejné pokladny, které měly jít do kapes vydavatelům a ve společném prohlášení požadovali umožnění jiných cest, jak lze otevřeného přístupu dosáhnout, tedy zejména umístění v repozitáři a s umožněním větší škály Creative Commons licencí, v rámci kterých by bylo možné text zpřístupnit. Současně zaznívaly výtky směrem k nepřehlednosti a nepochopitelnosti pravidel, kvůli kterým řada řešitelů zjevně nenaplánovala své výstupy, a tedy i potřebné finance optimálně.
Protesty vědců naznačují, že se nacházíme ve fázi důležitého rozhodnutí. Budeme ochotni dále finančně podporovat nesmyslně drahé APC poplatky u prestižních časopisů? Nebo změníme dosavadní pojetí kvality a výkonnosti a začneme vážně přemýšlet o změně publikačního systému?
Přečtěte si také
„Prestiž se má přesunout od titulů časopisů ke kvalitě a skutečnému přínosu jednotlivých výsledků, s transparentními a vícerozměrnými indikátory a kariérními dopady, které odměňují kvalitu, ne kvantitu.“ Ačkoliv to v oficiálních závěrech londýnské konference takto uvedeno nebylo, z diskusí a příspěvků jejích účastníků – snad s výjimkou vydavatelů – vyplývá jednoznačná shoda, že toto je cesta k udržitelné budoucnosti.
Otevřená věda není možná bez reformy hodnocení
Podstata problému nespočívá ve volbě mezi zelenou a zlatou cestou, na které se omezují mnohé diskuze. Ve hře zůstávají ještě dvě varianty, a to jednak diamantová cesta otevřeného přístupu, anebo dokonce opuštění tradičního konceptu vědeckého publikování, tedy role vydavatelů.
V modelu diamantové cesty jsou články pro čtenáře zdarma a pro autory bez poplatků. Náklady na provoz časopisu obvykle hradí univerzity, vědecké společnosti, grantové agentury, zkrátka instituce, které časopis vydávají, ze svých prostředků. Peter Fabian však ani v diamantové cestě nevidí řešení finanční náročnosti: „Diamantová cesta jen přesouvá výhodu z těch, kdo mají peníze na APC poplatky, na ty, kdo mají institucionální kapacitu vybudovat časopis s mezinárodní reputací. Pro mladé vědkyně a vědce na menší instituci to v praxi znamená, že se nerovné podmínky nezmění – změní se jen jejich příčina.”
S diamantovou cestou zároveň dochází k narušení kritérií, na kterých stojí některá hodnocení výzkumu, a to měřitelná prestiž časopisu.
„Jako biolog tento problém sleduji zblízka. Publikační systém v přírodních vědách dnes funguje jako spojené nádoby, kde se vzájemně posilují granty a prestiž časopisů – klasický Matoušův efekt: kdo má přístup k velkým grantům, může si dovolit publikovat v nejprestižnějších časopisech, a prestižní publikace otevírají dveře k dalším grantům,“ říká Peter Fabian.
K ještě většímu narušení klasických kritérií kvality publikací dochází u poslední možnosti, a to je opuštění jakéhokoli vydavatelského systému a spolehnutí se na zveřejnění v repozitáři a „postpublikační moudrost davů“, kdy recenze budou psát uživatelé po přečtení publikace. Tento přístup znamená přehodnocení tradičního systému peer review. I tento přístup však bude mít svá úskalí: jeden problém, který spočívá ve vysokých poplatcích, snad odpadne, jiný problém pravděpodobně vyvstane. Kdo v takovém systému ponese odpovědnost za vydaný text? Kde takové texty budou vycházet? Jak v době, kdy vychází tisíce článků ročně, vyfiltrovat ty, které stojí za to číst? A jak takové vědecké výstupy pak hodnotit? Na hodnocení výzkumu přitom mnohde závisí financování institucí, hodnocení ovlivňuje individuální kariéry, odměňování, přidělování grantů.
„Problém je, že dosud neumíme nastavit systém hodnocení vědy tak, aby zároveň podporoval excelenci i otevřenost. Dokud se nepodaří najít rozumnou rovnováhu mezi prestiží publikačního místa a veřejnou dostupností výsledků, zůstane otevřená věda — i přes veškerou infrastrukturu a podpůrné nástroje — spíše možností než samozřejmostí,“ myslí si Martin Svoboda.
Přečtěte si také
Jak nejlépe hodnotit výzkum? Existuje nějaký všeobecně platný, do různých zemí přenositelný, rámec? Co navrhují iniciativy jako jsou DORA či CoARA? A máme kvůli tomu zanevřít na metriky?
České hodnocení nepřekračuje svůj stín
„Já chápu, že každý chce mít vysoké impakt faktory, vysoký kvartil, na druhou stranu zde existují i levnější alternativy, kde můžete publikovat,“ řekla Hana Michová z MŠMT na veřejném slyšení k otevřené vědě a nezáměrně tím poukázala na dva důležité problémy: jedním je prosazení otevřeného přístupu v systému, kde je důležitým kritériem prestižnost časopisu, a druhým je názor, že open access časopisy mají nižší kvalitu.
Tento pohled reprezentují názory některých výzkumníků (především z přírodovědných oborů) i hodnotitelů vědy. Aktuální výzkum naznačuje, že i podle tradičních měřítek pro časopisy (prestiž a citace) je tento názor nepatřičně generalizující a zavádějící (například 1, 2, 3 a další) , ale mnohem důležitější je první zmíněný problém, tedy samotné pojetí toho, jak se na kvalitu díváme.
Ač český systém hodnocení udělal od doby tzv. „kafemlejnku“ velký pokrok a skládá se nyní z několika modulů, stále mnohdy nepřekročí svůj stín ani v Modulu 1, který by se měl opravdu individuálně zaobírat každým přihlášeným „vybraným“, tedy nejlepším výsledkem výzkumné instituce.
Recenzenti tyto výsledky vybrané samotnými institucemi hodnotí podle jejich kvality nebo společenské relevance na škále od 1 do 5. Ve zdůvodněních, které jsou dostupné na webu Úřadu vlády, lze nalézt i tyto argumenty hodnotitelů, poukazující na předsudky vědecké komunity:
„Přestože se jedná o publikaci v recenzovaném periodiku prvního kvartilu, nejedná se rozhodně o prestižní časopis nakladatelství Nature. V podstatě pokud práce neuspěje v seriích Nature, je nabídnuto autorům publikování v jejich open access periodiku Scientific Reports ... Na základě výše uvedeného navrhuji hodnocení 3, nikoliv 1 a 2.”
„Podle hodnoceného článku autoři našli nový postup pro výrobu uhlíkové anody. Na jednu stranu z bibliometrických údajů se zdá, že komunita výsledek přijímá, na druhou stranu časopis (Advanced Functional Materials) je open access, takže tam vyjde cokoliv.”
Možné reformy hodnocení výzkumu, o kterých jsme psali zde, se diskutují nejen na české, ale i evropské a celosvětové úrovni. Podstatou reformačních snah je především odstranění nežádoucí praxe spočívající v nepřiměřeném využívání metrik, jako je například impakt faktor časopisu, k podrobnějšímu hodnocení kvality výzkumu a výzkumníků. Spojení principů otevřené vědy s reformou hodnocení výzkumu dokazují některé případové studie iniciativy Declaration on Research Assessment (DORA) a další iniciativy, jako jsou projekt GraspOS a infrastruktura OPERAS. Ostatně i v rámci globálně asi nejvlivnější reformní iniciativy, kterou je v roce 2022 založená Coalition on Advancing Research Asssessment (COARA), funguje pracovní skupina Towards Open Infrastructures for Responsible Research Assessment (OI4RRA).
Obloukem se vracíme k tomu, že reforma akademických kultur a publikačního systému je dnes nejdůležitější téma otevřené vědy, ale nelze ji úspěšně provést bez reformy hodnocení výzkumu. Bude-li totiž kvalita výzkumu posuzována perspektivou indikátorů prestiže časopisů, budou vědci a vědkyně vybírat prioritně tyto časopisy pro své články a nuceni platit astronomické poplatky.
V příštím článku se dočtete o krizi peer review systému, alternativních režimech otevřeného přístupu a otevřené vědě v českém akademickém prostředí.
Autor: Michal Petr s přispěním Vladislavy Vojtíškové
- Autor článku: ano
- Zdroj: VědaVýzkum.cz
