Návrh podpořil Svaz průmyslu a dopravy ČR a neutrální stanovisko k němu zaujaly Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy, Ministersvo pro místní rozvoj, Ministerstvo průmyslu a obchodu a Úřad pro ochranu hospodářské soutěže. Ministerstvo vnitra podmínilo souhlas s přijetím novely jejím dopracováním a doporučilo se řídit stanoviskem gestora zákon, tj. Úřadu vlády, stejně tak jako Ministerstvo financí. Odbor kompatibility Úřady vlády a sekce místopředsedy vlády pro vědu, výzkum a inovace Pavla Bělobrádka uplatnily nesouhlasné stanovisko.
Vláda České republiky schválila na svém zasedání níže uvedené stanovisko.
Vláda nesdílí názor předkladatelů, že platná úprava způsobilých nákladů „ve svém důsledku paralyzuje celý systém financování českého výzkumu a vývoje a ohrožuje čerpání Evropských strukturálních fondů“ a domnívá se, že výklad platné právní úpravy umožňuje její funkční aplikaci.
Sporné tvrzení předkladatelů o změně statusu institucionálního příspěvku vysokým školám, který brání racionálnímu využití těchto prostředků na vysokých školách, obsažené v obecné části důvodové zprávy, není předkladateli žádným způsobem odůvodněno, především však v návrhu zákona žádné ustanovení v tomto smyslu není obsaženo.
S návrhem zákona by bylo podle názoru vlády možno souhlasit, pokud by byl skutečně striktním návratem právní úpravy do doby před přijetím zákona č. 194/2016 Sb. Ve skutečnosti však návrh přebírá pouze část této předchozí úpravy, obsaženou v § 2 odst. 2 písm. k). V předloženém návrhu zákona však chybí druhá část úpravy způsobilých nákladů, původně obsažená v § 8 odst. 3 zákona o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, která ve svém důsledku garantovala, že i po skončení příslušného projektu byl z něho pořízený hmotný a nehmotný majetek využíván pro činnost ve výzkumu, vývoji a inovacích. Návrh zákona tedy přináší v krátké době již třetí zásadní odlišnou zákonnou úpravu způsobilých nákladů, což ještě dále snižuje právní jistotu všech adresátů právní normy. Zvýšení právní jistoty rovněž nepřispívá absence přechodných ustanovení v předkládaném návrhu zákona.
Čerpání finančních prostředků z evropských strukturálních a investičních fondů není za platného znění zákona o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací ohroženo. Navrhované vymezení způsobilých nákladů je naopak velice obecné a hrozí riziko nesplnění podmínek pro započítání do způsobilých nákladů podle nařízení Komise (EU) č. 651/2014 ze dne 17. června 2014, kterým se v souladu s články 107 a 108 Smlouvy prohlašují určité kategorie podpory za slučitelné s vnitřním trhem, či podle sdělení Komise Rámec pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací (2014/C 198/01). Pokud by nebyly dodrženy podmínky nařízení o blokových výjimkách, musela by se každá taková podpora notifikovat Evropské komisi standardním způsobem podle čl. 108 odst. 3 Smlouvy o fungování Evropské unie, což však nebylo záměrem současného znění zákona o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací.
