Předseda vlády v odpovědi datované 31. 10. 2016 konstatuje, že nesdílí obavy rektora UK a předsedy České konference rektorů o problematickém výkladu částí, které se týkají uznatelnosti způsobilých nákladů. Současně potvrzuje, že Úřad vlády a Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy by měly ve vzájemné spolupráci zahájit práci na novele příslušných ustanovení zákona. Novela by měla vycházet z principů výkladu místopředsedy vlády pro vědu, výzkum a inovace. Závěrem svého dopisu předseda vlády informuje, že "pro přechodné období do schválení novely se obě strany shodly, že zmíňovaný výklad bude vydán jako oficiální společné stanovisko".