Panagiotis Alexiou: Masarykova univerzita jako odrazový můstek pro ERA Chair

Panagiotis Alexiou (přáteli přezdívaný Panos) přišel do Brna spolu se svou manželkou Jill Batdorf ze Spojených států, kde působil jako vědecký pracovník na Pensylvánské univerzitě. Panos přinesl odborné znalosti v oblasti bioinformatické analýzy dat ze sekvenování proteinů vázajících RNA a kromě vlastních výzkumných projektů pomáhal ostatním výzkumníkům s bioinformatickou analýzou výzkumných dat a návrhem experimentů. Panos vybudoval od základu dva týmy a organizoval bioinformatické semináře, aby předal své bioinformatické know-how širší vědecké komunitě CEITEC a v rámci celého bohunického kampusu. Jeho manželka Jill měla na starost podporu v oblasti vědecké politiky v rámci projektu Alliance4Life a přispívala k přívětivějšímu pracovnímu prostředí pro anglicky mluvící zaměstnance.

Panos a Jill přišli do Brna jako manželský pár pracující ve vědě, propojovali zaměstnance ve výzkumu a v administrativě CEITEC MU. Brno jim přineslo příležitost pro kariérní rozvoj a naplnění nejen v práci, ale i v soukromém životě - na konci roku 2020 se jim v Brně narodila dcera Katerina. V roce 2022 získal Panagiotis Alexiou prestižní grant ERA Chair s cílem založit a posílit bioinformatickou komunitu na Maltské univerzitě. Granty ERA Chair zvyšují výzkumnou kapacitu hostitelských institucí tím, že přitahují zkušené vědce se speciální expertizou na rozvíjející se univerzitu nebo výzkumné centrum. Úkolem ERA Chairs je vytvořit výzkumný tým plně integrovaný do hostitelské instituce s cílem výrazně zlepšit její výkon v určité vědecké oblasti. Na Maltě se Panos zaměří na bioinformatiku pro genomiku. Jeho cílem bude trvale rozvíjet znalostní základnu v oblasti bioinformatiky a dovednosti strojového učení, které jsou nezbytné k převedení multioborových a klinických dat získaných od pacientů k lepšímu porozumění nemocí.

Genetická bioinformatika je vědecká subdisciplína, která zahrnuje využívání počítačových technologií ke shromažďování, ukládání, analýze a šíření biologických dat a informací. Vědci a lékaři tyto údaje využívají ke zlepšení porozumění různých onemocnění a v některých případech i jako součást lékařské péče. Úlohu bioinformatiky v biologickém výzkumu lze přirovnat k úloze analýzy dat v době informací a internetu. Pokrok ve čtení sekvencí DNA s sebou přinesl novou výzvu - pochopit a interpretovat obrovské množství informací dat a informací. Vzhledem k tomu, že soubory dat o lidském genomu jsou rozsáhlé, analyzují se pomocí počítačových metod. Bioinformatici, jako je Panos, pracují s lidskými genomy a snaží se pomocí počítačových metod objevit praktické poznatky o lidském zdraví a o komplexní biologii člověka.

Rozhovor s Panagiotisem Alexiou

Na institut CEITEC Masarykovy univerzity jste nastoupil před pěti lety. Co považujete za svůj největší úspěch během svého zdejšího působení?

Podařilo se mi vybudovat dva v podstatě velmi dobře fungující týmy v období, které bylo obtížné kvůli covidové pandemii a kvůli tomu, že jsme museli pracovat částečně na dálku. Bylo období, kdy jsem musel přijmout nové lidi a od začátku jsme museli všichni pracovat online. Hlavním úspěchem je, že tyto týmy dobře fungují a mohou nyní pracovat samostatně.

Co byste označil za nejnáročnější část svého pobytu v Brně?

Zejména na začátku byl nábor nových lidí obtížný. Přestože má CEITEC v České republice a stále více i na evropské úrovni dobré jméno, bylo přesto těžké získat konkurenceschopné bioinformatiky, protože ti jsou v současnosti na trhu práce velice žádaní. Po několika prvních letech to bylo mnohem snazší, protože se lidé z oboru dozvěděli o práci naší skupiny a o CEITEC MU, a hledání talentů pak bylo rozhodně lepší.

Jaký typ vzdělání obvykle hledáte, když přijímáte nové členy týmu?

Na začátku se nám hlásili hlavně biologové, kteří neměli moc zkušeností s IT, ale později to byli spíše lidé z IT. Pro fungující tým potřebuji mít obojí. Sám mám biologické vzdělání, proto raději spolupracuji s lidmi z IT, protože jejich dovednosti se s mými dovednostmi doplňují. Je pro mě jednodušší naučit IT profesionály biologii, než učit biology informační technologie.

Mohl byste porovnat sedm let, které jste strávil v Pensylvánii, s těmi pěti lety, které jste strávil zde v Brně? Bylo to hodně odlišné, nebo byly tyto dvě zkušenosti v něčem podobné?

Bylo to velmi odlišné. Hlavně proto, že moje pozice zde na CEITEC MU byla spíše o řízení lidí a tam jsem neměl žádnou samostatnou pozici. Moje práce v Pensylvánii byla více praktická. Tady jsem musel dělat více administrativních a manažerských úkolů, a to vše pro mě bylo nové. To bylo zpočátku trochu obtížné a musel jsem se toho hodně naučit. Ale byla to pro mě velmi důležitá zkušenost, která mi otevřela nové možnosti. Vedení dvou skupin najednou mě naučilo dovednostem, které bych nikdy nezískal jen tím, že bych se věnoval vědě. Rád bych také dodal, že na CEITEC MU jsem měl velkou podporu, pokud jde o rozvoj měkkých dovedností, což pro mě bylo velmi užitečné. Jsou to dovednosti, které se vědec obvykle neučí, ale jsou opravdu nezbytné, jakmile nastoupíte na pozici, kde musíte řídit lidi.

Které konkrétní kurzy jste absolvoval a jak Vám pomohly ve Vaší funkci?

Absolvoval jsem speciální kurz leadershipu pro vědce, který připravila mezinárodní společnost HFP, a také kurz SIY o všímavosti (mindfulness), který vytvořila společnost Google. Dále jsem absolvoval workshop o nevědomých předsudcích a speciální kurz o najímaní nových lidí do týmu, který pořádala Masarykova univerzita. Během svého působení na CEITEC MU jsem se snažil absolvovat co nejvíce kurzů měkkých dovedností.

Jak hodnotíte CEITEC jakožto místo vhodné pro vědu a její rozvoj? Mám na mysli technologické vybavení, vědeckou komunitu a další aspekty. Jak jste se zde cítil jako vědec?

Co se týče technologického vybavení a hlavně sdílených laboratoří, která jsou k dispozici, je to opravdu špičková kvalita a vědec zde má přístup ke všemu. Já osobně jsem moc technologií využívat nemusel, ale viděl jsem velkou výhodu v tom, že kolegové mají k dispozici zařízení, která jim mohou pomoci s různými experimenty a dají se velmi dobře kombinovat. Co se týče spolupráce s vědeckou komunitou, spolupracoval jsem zde s mnoha lidmi a byl jsem s tím velmi spokojen. Myslím si, že velikost CEITEC MU je perfektní. Je to dostatečně malý institut, abyste se mohli s každým docela dobře znát a snadno najít lidi, se kterými můžete spolupracovat, a zároveň dost velký na to, abyste zde našli vše, co potřebujete k vědecké práci. V těch letech jsem skutečně spolupracoval hlavně s výzkumníky z CEITECu. Jako sdílená laboratoř jsme měli velkou poptávku po našich službách a také po externí spolupráci. A jako výzkumná skupina, kdykoli jsem chtěl provést nějaký experiment, vždy jsem našel někoho z kolegů, kdo byl schopen ten experiment provést, což bylo skvělé.

Co Vás inspirovalo k rozvoji bioinformatických seminářů, které jste v rámci CEITEC MU založil?

Chtěl jsem rozvíjet bioinformatické dovednosti i v rámci širší vědecké komunity, protože to jsou velmi důležité přenositelné dovednosti pro mnoho výzkumných pracovníků. Založil jsem pravidelný bioinformatický seminář, kde jsme učili vědce, jak prakticky využívat různé bioinformatické metody a jejich výhody. Bohužel tato aktivita během covidu trochu utichla, ale moji kolegové v ní budou jistě pokračovat i po mém odchodu. Možná teď budou semináře hybridní, po covidu je totiž těžké dát dohromady lidi, kteří by se sešli v jedné místnosti. Osobně ale stále preferuji osobní setkání formou přednášky, protože dávají prostor i pro neformální rozhovor a výměnu zajímavých myšlenek. Při online setkáních mají lidé tendenci poslouchat v pozadí a dělat jiné věci a dávají méně pozor.

A nyní si pojďme promluvit o nové kapitole Vašeho života. Co Vás motivovalo k tomu, abyste se ucházel o grant ERA Chair?

Rozhodně je to pro mě velký krok. Grant poskytuje garantované financování na pět let a umožňuje mi vybudovat něco udržitelného od nuly. Založit zcela nový bioinformatický program s výzkumnou a vzdělávací složkou. Bude to velmi podobné tomu, co jsem dělal tady a bude to dobře financované. Hlavní rozdíl je v tom, že CEITEC je výzkumný ústav a Maltská univerzita je univerzita. Proto tam budu mít mnohem více práce s nastavením vzdělávacích aspektů pro studenty. Máme v plánu během příštích pěti let založit novou doktorandskou školu pro bioinformatiku. Budu také mnohem těsněji spolupracovat s lékaři a nemocnicí a moje práce na Maltě bude o něco blíže k aplikovanému výzkumu.

O grant jste žádal společně s Maltskou univerzitou?

Ne, ve skutečnosti měla univerzita grant již připravený a potřebovala k němu najít vhodného odborníka. Hledali na internetu a našli a vybrali si mě. Zavolali mi a řekli, že mé zkušenosti se skvělo hodí do jejich grantu a zda bych měl zájem být součástí této grantové žádosti. Moje prvotní myšlenka byla, že ERA chair je mnohem seniornější pozice, než jakou jsem zastával já jakožto juniorní vedoucí výzkumné skupiny. Ale můj profil opravdu velmi dobře odpovídal tomu, co chtěli a co potřebovali. Řekl jsem jim, ať mé jméno do grantu zařadí a uvidíme, co se stane. Ale upřímně řečeno jsem tomu nedával moc velkou naději.

Jaké to bylo, když jste se dozvěděl, že jste grant získal?

Byl jsem velmi šťastný. Je to pro mě opravdu skvělá kariérní příležitost. Budu mít šanci sám vybudovat něco dlouhodobého a nemusím se dalších pět let starat o financování. Obecně platí, že ve výzkumu, pokud nemáte některý z velkých grantů, jako je třeba ERC, tak se musíte rok co rok ucházet o grantové financování. ERA Chair není výzkumný projekt, je to speciální financování strukturálních změn. Jde spíše o nastavení a o vybudování něčeho nového, co bude fungovat po mnoho let. Je to velmi kreativní a naplňující.

Na této nové pozici pravděpodobně využijete mnoho dovedností, které jste získal zde na CEITEC MU. Je to tak?

Určitě ano. Budu využívat své technické dovednosti a všechny manažerské a vůdčí dovednosti, které jsem zde získal. S CEITEC MU budu nadále udržovat řadu probíhajících spoluprací a doufám, že v budoucnu navrhneme i nějaké nové společné výzkumné projekty. Zůstanu v kontaktu se svým starým týmem tady v Brně a budu zde mít ještě několik doktorandů, dokud nedokončí studium. Budu na ně dohlížet na dálku a každý semestr sem na pár týdnů přijedu. Plánuji také pozvat své studenty z CEITECu na pár týdnů na Maltu, aby zde absolvovali zahraniční stáže. Snažím se vypracovat dlouhodobou spolupráci mezi bioinformatiky z CEITEC MU a Maltskou univerzitou, která by fungovala k našemu vzájemnému prospěchu.

Redakčně upraveno.

Zdroj: CEITEC