Pavel Plevka: Vědec má mít šanci slyšet kritiku

Virolog Pavel Plevka uspěl v soutěži o prestižní granty ERC již podruhé. Poté, co v roce 2013 obdržel ERC Starting grant zaměřený na studium lidských pikornavirů, získal nyní ERC Consolidator grant, v němž se bude zabývat dynamikou fágové infekce biofilmu a molekulárními detaily následného množení fágů v hostitelských buňkách zlatého stafylokoka. Tato fágová terapie by se mohla stát alternativou antibiotik. Dodejme, že do výzvy z roku 2021 bylo podáno 2 652 návrhů projektů, z nichž 313 získalo finanční podporu z rozpočtu programu Horizont Evropa. Pavel Plevka byl jediný z ČR, kterému se podařilo své úsilí korunovat úspěchem.

V soutěži o ERC Consolidator granty, jejíž výsledky byly oznámeny v březnu 2022, jste uspěl jako jediný žadatel s českou institucí. Můžete našim čtenářům přiblížit, o čem váš současný projekt je a v čem je váš nápad originální a průlomový?

Projekt je zaměřen na studium fágové infekce bakteriálního biofilmu tvořeného buňkami zlatého stafylokoka. Bakteriofág je virus, který napadá bakterie. My chceme pochopit, jakými mechanismy bakteriofág ničí biofilm, což je trojrozměrná struktura, kterou si bakterie v lidském těle nebo v přírodě skoro vždycky kolem sebe vytváří. To jim dává některé výhody, např. v patogenním prostředí uvnitř lidského organismu biofilm chrání buňky před imunitním systémem a také do velké míry před antibiotiky. Fágy jsou přirození nepřátelé neboli požírači bakterií, kteří se celou evoluci vyvíjejí tak, aby bakterie dokázaly napadnout i v biofilmu. A my chceme pochopit, jaké nástroje bakteriofágy využívají, aby se do biofilmu dostaly. Zajímají nás dosud necharakterizované interakce fágů a bakterií za biologicky a klinicky relevantních podmínek. To má potenciál přispět k léčbě bakteriálních onemocnění.

Takže by váš výzkum v budoucnu mohl přispět např. k vývoji nějakých nových antibiotik?

Ne přímo antibiotik, ale antibakteriální léčby. Buď by samotné bakteriofágy mohly být využity jako léčivo, nebo by mohly být použity některé enzymy, které produkují a které degradují trojrozměrnou strukturu biofilmu.

Navazuje váš ERC Consolidator grant nějakým způsobem na váš předchozí ERC Starting grant?

V projektu použijeme kombinaci fluorescenční mikroskopie optického listu pro pozorování vývoje biofilmu a průběhu fágových infekcí a kryoelektronové mikroskopie pro detailní popis procesu tvorby fágových částic v infikovaných buňkách. Tento projekt nenavazuje na můj předchozí ERC grant, který byl zaměřen na studium lidských pikornavirů. Společné pro oba projekty ale je strukturní biologie virových částic a použití techniky kryoelektronové mikroskopie. Ve výzkumu pikornavirů pokračujeme díky podpoře od GA ČR.

Proč jste si nyní zvolil právě téma bakteriofágů?

Bakteriofágy v mé skupině studujeme už od jejího začátku. Naše hlavní motivace je, že jsou to úžasné biologické stroje, jedny z nejkomplexnějších, které známe.

Co pro vás a vaši skupinu získání tohoto prestižního grantu znamená?

ERC grant znamená pětileté a štědré financování v kombinaci s absencí požadavků na počet publikací. Můžeme se pustit do složitých projektů, které se nemusí podařit. Riziko neúspěchu je vyváženo nadějí, že zjistíme zajímavé věci o šíření fágů v biofilmu.

O ERC Consolidator grant jste nežádal poprvé. Co získání tohoto grantu předcházelo?

Úspěchu předcházely neúspěchy. Úspěšná byla až třetí žádost, dvakrát se mi grant získat nepodařilo. Dostal jsem zpětnou vazbu od oponentů ve dvou kolech hodnocení, takže jsem věděl, co se jim nelíbilo, a mohl jsem grantovou žádost přizpůsobit a také jsme v mezičase získali výsledky, které ukazují, že daný výzkumný záměr dokážeme provést.

Jak hodnotíte proces podávání žádosti o grant a proces hodnocení?

Specifikem ERC je, že se žádost píše ve dvou formách. V 1. kole je hodnocena ta kratší, ve druhém kole ta delší verze a pak ještě následuje pohovor. Z hlediska žadatele je to docela velké množství práce, která se může jevit jako zbytečná. Na druhou stranu v průběhu let získaly ERC granty velkou prestiž a granty, které jsou udělovány, v naprosté většině vedou k významným vědeckým výsledkům, takže tato struktura hodnocení je dobrá.

Technologické centrum AV ČR ve spolupráci s Univerzitou Karlovou již dlouhou řadu let organizuje školení na podporu žadatelů ve výzvách ERC. Loni byla do této činnosti zapojena i nově ustavená expertní skupina na podporu žadatelů ve výzvách ERC. Vy jste byl první, kdo nám před lety poskytl svůj návrh projektu k využití na workshopech pro žadatele o granty ERC. Účastnil jste se také celé řady našich akcí (ať už workshopů na psaní projektů, nebo cvičných pohovorů), a to nejen v roli účastníka, ale i experta. Jak tyto akce/aktivity hodnotíte a v čem vám pomohly při přípravě projektového návrhu? Doporučil byste je svým kolegům, kteří zvažují podat grant ERC?

Když jsem připravoval svoji první žádost o ERC grant, tak mi svůj projekt poskytla profesorka Jana Roithová, byla to pro mne velká inspirace a pomoc. Proto jsem se rozhodl dát svoji grantovou žádost k dispozici pro účastníky workshopu a doufám, že byl podobně užitečný. Za podporu od Technologického centra AV ČR pro žadatele o ERC granty, kterou dlouhodobě organizuje profesor Zdeněk Strakoš, jsem velmi vděčný. Workshopy i cvičné prezentace mají řadu pozitivních efektů: 1. Přimějí žadatele, aby na projektu nebo prezentaci začali pracovat včas. 2. Kritiku pracovních verzí grantových žádostí i prezentací není moc příjemné poslouchat, protože následné úpravy vyžadují spoustu práce, ale je to jistá cesta, jak projekt vylepšit a zvýšit šance na získání grantu. 3. Kritické čtení cizích projektů je zajímavá práce i způsob, jak se naučit psát lépe vlastní granty. Semináře doporučuji všem, kteří plánují žádat o ERC granty.

Česká republika, obdobně jako ostatní nové členské státy, není v této oblasti rámcového programu EU příliš úspěšná. V čem vidíte možné příčiny a co byste doporučil českým institucím a žadatelům o ERC granty?

Myslím si, že nižší úspěšnost ČR v žádostech o ERC granty bohužel reflektuje celkovou kvalitu naší vědy. Způsob, jak to změnit, je dlouhodobá práce s potenciálními žadateli. Z čeho se určitě můžeme poučit od úspěšných západních institucí, je způsob výběru vedoucích vědeckých pracovníků a struktura skupin. Noví vedoucí pracovníci by měli být vybíráni v otevřeném výběrovém řízení, které nebude příliš zacíleno na nějaký obor, ale hlavně na to, aby instituce získala excelentního vědce. Ten, kdo je vybrán, by měl dostat financování do začátku, které mu umožní rovnou si vytvořit tým a pustit se do riskantních projektů. To znamená, že by měl být finančně zajištěn alespoň na pět let. Rekonstrukce virionu bakteriofága P68 získaná pomocí kryoelektronové mikroskopie. Barvami jsou rozlišeny jednotlivé součásti fágové částice.

Vidíte rozdíl mezi prostředím české a špičkové zahraniční instituce?

Mám zkušenost z Uppsala University ve Švédsku a Purdue University v USA. Obě instituce měly mechanismus pro vedoucí skupin, jak vzájemně diskutovat jaké mají projekty a co plánují dělat. Rozdíl byl v mentalitě. Ve Švédsku šlo o neformální, ale pravidelné setkávání u kávy, zatímco v USA to byly formální prezentace pro celé oddělení, kde byla sdělována otevřená kritika projektů. Myslím si ale, že na formě až tak nezáleží. Důležité je, že vědec má šanci slyšet kritiku a dostat zpětnou vazbu. To v ČR většinou není součástí institucionální kultury.

Co považujete za svůj největší dosavadní úspěch?

Co se týká vědeckých objevů, největší úspěch mojí výzkumné skupiny je popis infekčního procesu pikornavirů a potom ERC Consolidator grant, protože ten je postavený na práci, kterou jsme s kolegy dělali tady v České republice a jsem na ni hrdý. Předchozí ERC grant vycházel z výsledků, které jsem získal jako postdoc v USA.

Jak se jako virolog díváte na pandemii covidu-19 a jaký si myslíte, že bude její další vývoj? Jak mohou ERC granty přispět k řešení této situace k tomu, aby lidstvo zvítězilo nad touto globální hrozbou? A je to vůbec možné?

Koronavirová epidemie stále probíhá a vypadá to, že jen tak neskončí, protože se s pravidelností objevují další varianty viru. Co se týče Evropy, je pravděpodobné, že na podzim proběhne další vlna, ale doufám, že zůstane v mírném stadiu a nebudou potřeba významná protiepidemická opatření. Výzkum koronavirů je teď extrémně intenzivní, to je vidět i na vývoji vakcín a na tom, že konečně začínáme mít účinná antivirotika. To bude určitě pokračovat. Role ERC v tom není přímá, protože primárně jde o projekty zaměřené na základní výzkum, takže u nich nelze očekávat, že v horizontu pár let přispějí k vyřešení aktuální epidemie. Rozhodně ale virologie v rámci ERC posílila.

 

Autorka: Petra Fedorová

Foto: CEITEC

Článek vyšel v časopise ECHO vydávaným Technologickým centrem AV ČR.

---

Pavel Plevka

Vystudoval molekulární biologii a virologii na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy, titul Ph.D. v oblasti strukturní biologie získal v roce 2009 na Univerzitě v Uppsale ve Švédsku. Další čtyři roky působil na Purdue University v USA. Od července 2013 vede výzkumnou skupinu strukturní virologie v CEITECu při Masarykově univerzitě v Brně. Je držitelem EMBO grantu, Ceny Neuron pro mladé vědce a Ceny Wernera von Siemense za nejvýznamnější výsledek základního výzkumu. Jako jeden z devíti řešitelů ERC grantů české národnosti získal dva ERC granty.