Thomas Pradeu: Imunologie klade fascinující filozofické otázky

Thomas Pradeu původně vystudoval filozofii, na níž ho vždycky nejvíc zajímala argumentační důslednost. Výrok britského logika Alfreda Whiteheada, že západní filozofii lze vnímat v podstatě jen jako „soubor komentářů k Platónovi“, považuje za dobrý způsob, jak zdůraznit filozofii perennis ve smyslu silné perzistence filozofických otázek napříč staletími. Sám nechtěl pouze analyzovat, s čím přišli v minulosti jiní filozofové. Chtěl dělat něco, co by mu umožnilo alespoň se pokusit formulovat nové myšlenky. A to byl důležitý motiv, proč se rozhodl dělat filozofii vědy, kde si během magisterského studia zvolil výzkum zaměřený na biologii a konkrétněji imunologii. A protože sám říká, že „jediný způsob, jak dělat dobrou filozofii vědy, je znát vědu, kterou chceš zkoumat,“ vrhl se do studia imunologie, mikrobiologie a virologie v magisterském programu biologie na École Normale Supérieure.

V rámci specializace na imunologii strávil rok na Harvard University, kde potkal filozofa vědy Petera Godfrey-Smitha nebo populačního genetika Richarda Lewontina a mnoho dalších zajímavých profesorů. Byla to mimořádná zkušenost, která jej utvrdila v myšlence kombinovat filozofii a vědu. Spolu s dalšími imunology začal organizovat interdisciplinární semináře, na které zval významné odborníky. Zajímaly ho hlavně konceptuální otázky, které si klade filozofie vědy a překvapovalo jej, jak málo se mezi přírodními vědci o filozofii vědy ví.

Jaký je podle vás současný trend, pokud jde o vztah filozofie a vědy? Co vědci na filozofech oceňují?

Mezi biology, kteří znají filozofii vědy, uvedu třeba evoluční biology Ernsta Mayra a Richarda Lewontina, nebo současnou autoritu ve výzkumu mikrobiomu Roba Knighta. Biologové většinou říkají, že na práci filozofů vědy se jim líbí důslednost v používání pojmů, logická konzistence a schopnost odstoupit a vidět „velký obraz”, včetně propojení různých vědeckých oblastí dohromady. Co biologové naopak nemají rádi na práci filozofů vědy, je to, že je často příliš vzdálená od toho, co oni považují za skutečně důležité a relevantní vědecké otázky. Jedním z mých cílů pro nadcházející roky je lépe prozkoumat, které aspekty (pokud vůbec nějaké) filozofického vzdělání by mohlo být užitečné implementovat do vědeckých učebních osnov. Stále větší počet biologů říká, že alespoň některé oblasti biologie potřebují silnější konceptuální a teoretickou práci. Myslím, že právě v tom mohou filozofové pomoci.

Vedete výzkumnou laboratoř ImmunoConcEpT při Universitě v Bordeaux, kde se věnujete výzkumu zaměřenému na pochopení imunitních reakcí. Můžete přiblížit, co přesně zkoumáte?

Snažím se ukázat na velmi konkrétních a specifických příkladech, že konceptuální a teoretické myšlení je pro vědecký výzkum v imunologii zásadní. Například jsem před několika lety formuloval v sérii článků ve vědeckých časopisech, včetně PNAS a Nature Reviews Immunology, novou teorii imunitní odpovědi, nazývanou „teorie diskontinuity". Tato teorie předpokládá, že imunitní reakce jsou spuštěny náhlými změnami v antigenních vzorcích, s nimiž imunitní receptory interagují. Tato teorie vznikla díky neustálým interakcím s imunology, včetně Erica Viviera (CIML, Marseille) a Gérarda Eberla (Pasteurův institut, Paříž), a od svého publikování byla mezi imunology hodně diskutována.

Ve své práci se také snažím přesněji definovat některé tradiční imunologické pojmy a ukázat, že tato redefinice má jak empirický, tak terapeutický význam. Například nedávno jsme spolu s imunologem Louisem Du Pasquierem, který je odborníkem na evoluci imunitních systémů, pracovali na centrálním pojmu „imunologická paměť” (tj. faktem, že druhé setkání s daným antigenem vyvolává silnější a rychlejší imunitní odpověď). Ukázali jsme, že imunologická paměť je ve skutečnosti vícerozměrný pojem a identifikovali jsme pět jejích hlavních dimenzí. Argumentovali jsme, že když se imunologové snaží určit, které imunitní buňky zprostředkovávají imunologickou paměť, a když se ptají, které organismy vykazují kapacitu imunologické paměti, měli by brát v potaz a porovnávat pět dimenzí, které jsme popsali. Návrhy tohoto druhu ovlivňují empirický a terapeutický výzkum.

Zabijácké T-buňky obklopující buňky rakovinové

Jste autorem knihy Filozofie imunologie (Philosophy of Immunology, Cambridge University Press, 2019). Imunologie podle vás nabízí odpovědi na některé z nejzajímavějších filozofických otázek. Můžete být konkrétnější?

Imunologie klade fascinující otázky o individualitě, ‚self” (vlastním) a ‚non-self” (cizím), ale také o tom, jak se tělo může sebepoškozovat a zároveň se samo opravit, jak se střeva a mozek ovlivňují navzájem prostřednictvím mikrobiomu, a tak dále.

Pro filozofy je to skvělé biomedicínské pole k prozkoumání, zejména v mladší generaci. Imunologie je náročná, ale vyplatí se. A opět, je to jedno z nejdynamičtějších a nejsledovanějších polí dnešní biologie a medicíny. Pokud otevřete časopisy Nature, Science, eLife nebo PNAS, uvidíte imunologii skoro všude!

Řekl bych, že mnoho praktických imunologů rádo pustí filozofy do svých laboratoří za předpokladu, že tito filozofové budou mít dobré znalosti o imunologii a budou jí chtít přispět.

Kniha se dotýká mimo jiné chápání biologické individuality. Můžete to přiblížit?

V současnosti panuje mezi filozofy biologie téměř všeobecný konsensus, že biologická individualita závisí na položených otázkách, může být realizována na různých úrovních a různými způsoby a vyskytuje se ve stupních. Proto bychom měli být pluralisty ohledně biologické individuality. Jedním z hlavních tvrzení mého výzkumu za posledních 15 let je, že imunologie k definici biologické individuality zásadně přispívá, protože objasňuje tři klíčové rozměry biologické individuality, a to početnost, vymezení a soudržnost. Ve zkratce, je to proto, že imunitní systém hraje klíčovou roli při určení toho, co může vstoupit do organismu, co může v organismu zůstat, a jak se různé tělesné komponenty vzájemně ovlivňují. To je velmi důležité, protože v této a mnoha dalších oblastech byli filozofové biologie tak posedlí evoluční biologií, že často nevěnovali pozornost tomu, co říkají jiné biologické obory o biologické individualitě.

Podle mého názoru je naším společným úkolem zkombinovat tyto různé a komplementární přístupy k biologické individualitě. To je mnohem obtížnější, ale také mnohem zajímavější než monismus o biologické individualitě nebo pouhý „juxtapoziční pluralismus”, kde se člověk spokojí s tím, že různé přístupy k biologické individualitě koexistují, aniž by se snažil určit, do jaké míry jsou tyto přístupy kompatibilní, konfliktní, nebo je lze sloučit do širšího rámce a tak dále.

Věnujete se také otázce, jak na sebe působí mysl a tělo? Co říkáte na souvztažnost mezi kondicí imunitního systému člověka a jeho psychickým stavem?

Konkrétně otázkou vztahu mysli a těla jsem se nezabýval. Přesto mě fascinuje, jak spolu imunitní a nervový systém úzce interagují a často sdílejí své komponenty a činnosti. Pole neuroimunologie ve své současné podobě je mimořádně slibné. V posledních deseti letech se v této oblasti dosáhlo významného pokroku. Například tradiční představy o hematoencefalické bariéře (pozn. red. Hematoencefalická bariéra je klíčová pro správnou funkci mozku a ochranu neuronů před poškozením. Zároveň však může bránit vstupu terapeutických látek do mozku) a konceptu mozku jako „imunoprivilegovaného orgánu" byly zcela přepracovány. Jak zdůraznil Jonathan Kipnis a mnozí další, několik poruch, které jsou klasicky definovány jako „neuronální" a / nebo „psychiatrické," má významnou imunologickou složku (např. auto-protilátky). Zkoumání imunologické dimenze těchto poruch bude nesmírně zajímavé a má potenciál otevřít nové terapeutické možnosti.

Philosophy in Science - PinS

Specifický průnik mezi vědou a filozofií jste definoval jako tzv. „filozofii ve vědě", namísto běžnější „filozofie o vědě" a v publikacích v top časopisech ukazujete, že to má významný dopad na vědu jako takovou. Můžete to rozvést?

Řekl jsem trošku něco jiného: Navrhl jsem, že podmnožinu filozofie vědy lze popsat jako „filozofii ve vědě" (Philosophy in Science -"PinS"). PinS je velmi zvláštní přístup. Spočívá v tom, že se položí vědecký problém (ten, který vědci identifikují jako jeden z problémů nebo hádanek, které se aktuálně snaží řešit), a pak se použijí filozofické nástroje k poskytnutí předběžné odpovědi na tento problém. Následkem toho je PinS velmi vzácné (je to zvláště náročná podmnožina „vědecky informované filozofie” a „filozofie vědy v praxi”) a zároveň je to trend, který existuje desítky let.

V našem článku „Philosophy in Science: Can philosophers of science permeate through science and produce scientific knowledge?”, publikovaném v British Journal for the Philosophy of Science (BJPS), zkoumáme různými nástroji, včetně bibliometrie, práci filozofů, kteří byli mimořádně úspěšní v intervenování ve vědě a vykonání významných vědeckých příspěvků. Patří sem David Malament, Elliott Sober, David Hull, Kristin Schrader-Frechette a mnozí další.

Jedním z cílů mého výzkumu je dělat PinS. PinS vyžaduje přímé a hluboké znalosti vědeckých oborů, do kterých chcete zasahovat. V mém případě mohu dělat PinS pouze v oborech, jako je imunologie a biologie rakoviny.

Druhým cílem je pokračovat v charakterizování PinS a pokračovat v tom, co jsme udělali v zmíněném článku v BJPS a doprovodných článcích.

Třetím cílem je přispět k institucionální organizaci PinS, zejména v biologii a medicíně. V roce 2017 jsem vytvořil a od té doby koordinuji mezinárodní síť „Philosophy in Biology and Medicine" (PhilInBioMed), kterou považuji za svůj nejdůležitější příspěvek k filozofii vědy na institucionální úrovni. Cílem této sítě je podpořit společnou produkci poznání filozofů, biologů a lékařů prostřednictvím přímých interakcí mezi nimi, zejména skrze umisťování filozofů do vědeckých laboratoří a spoluvytváření publikací ve vysoce profilovaných vědeckých časopisech. Síť sdružuje 14 světově výkonných institucí (Pittsburgh, ASU, Cincinnati, MBL, Utah, Minnesota, Sydney, Bielefeld, Cambridge, Exeter, Konrad Lorenz Institute, IHPST, San Sebastian a Bordeaux) a téměř 150 jednotlivých členů, včetně výjimečných vědců.

V roce 2022 jste vystoupil na mezinárodní konferenci „Immunology meets philosophy“, kterou organizoval Filosofický ústav Akademie věd v Praze. Měl jste příspěvek o rozšířené imunitě a jejích důsledcích pro rakovinu. Co si představit pod pojmem „rozšířená imunita” (extended immunity) a co ve vztahu k rakovině znamená?

Když jsem na konferenci v Praze hovořil o rozšířené imunitě, měl jsem na mysli to, co považuji za dvě z nejdůležitějších transformací imunologie za posledních zhruba dvacet let, konkrétně její fylogenetické rozšíření a její funkční rozšíření.

Fylogenetické rozšíření odpovídá skutečnosti, že na rozdíl od tradičního pohledu, že imunitní systémy se nacházejí pouze u obratlovců, imunitní systémy jsou ve skutečnosti nalezeny všude napříč stromem života (v bakteriích, archeách, rostlinách, bezobratlých atd.).

Funkční rozšíření popisuje skutečnost, že imunita není jen o obraně proti patogenům. Imunita je ve skutečnosti zapojena do všech druhů činností, včetně vývoje, opravy tkání, metabolismu, odstraňování tělesných zbytků a tak dále. Imunitní systém je vždy „zapnutý" a hraje klíčovou roli v podstatě ve všech tělesných regulacích.

V přednášce, kterou jsem měl v Praze, jsem tato dvě rozšíření představil. Snažil jsem se ukázat, že přijetí srovnávacího pohledu mezi různými druhy a zvážení role imunitního systému při opravě tkání byly dvě velmi slibné strategie, jak objasnit současný výzkum prováděný v onkoimunologii o tom, jak imunitní systém ovlivňuje růst a šíření rakoviny.

Jaký jste si z tohoto pražského setkání odnesl dojem?

Podle mě to bylo vynikající. Martin Zach (pozn. red. filozof vědy, Filosofický ústav AV ČR) odvedl skvělou práci, když shromáždil vynikající vědce, historiky a filozofy vědy k rozhovorům o klíčových konceptuálních a filozofických otázkách v imunologii. Přednášky byly skvělé. Diskuse byly velmi přátelské a inspirativní. Padlo mnoho zajímavých sbližujících stanovisek, ale i nesouhlasné reakce a vše mohlo být vyjádřeno bez jakéhokoliv napětí nebo nevraživosti, což je pro mě nespornou známkou toho, že konference byla úspěšná.

Myslím, že díky Martinu Zachovi a vynikajícím imunologům, kteří u vás působí, se Praha může stát v nadcházejících desetiletích jedním z hlavních míst pro filozofii imunologie. To je zvlášť důležité v době, kdy se imunologie stala tak ústředním tématem v biomedicínských vědách (od covidu po onkologii).

Jsou to vzrušující časy pro imunologii a filozofii imunologie a jsem si jistý, že zrovna pražští filozofové a vědci mohou hrát na tomto rozhraní mezi imunologií a filozofií velmi důležitou roli.

Autorka: Jana Říhová

Zdroj: Filosofický ústav Akademie věd ČR

Thomas Pradeu (*1978) vede výzkumnou laboratoř Immunoconcept při Univerzitě v Bordeaux, kde se věnuje výzkumu imunitního systému, jeho patologiím a projektům zaměřeným na výzkum rakoviny. Koordinuje Mezinárodní síť pro filozofii v biologii a medicíně. Publikuje ve významných filozofických a vědeckých časopisech (British Journal for the Philosophy of Science, Biology & Philosophy, Science Immunology, Nature Reviews Immunology). Je mimo jiné autorem knih Philosophy of Immunology (Cambridge University Press, 2019) a The Limits of the Self: Immunology and Biological Identity (Oxford University Press, 2012), za niž obdržel prestižní ocenění Lakatos award.