Specialista/ka v oblasti datové infrastruktury a služeb (Life Sciences)

Greenfield pozice – možnost postavit výzkumnou datovou platformu od prvních návrhů až po produkční provoz.

Hledáme technicky zdatného IT inženýra či IT inženýrku, který/á se bude podílet na budování výzkumné datové infrastruktury od základů. Budete mít možnost významně ovlivnit návrh a rozvoj datové platformy, automatizaci toku experimentálních dat a vývoj systémů, které podporují špičkový výzkum v oblasti molekulární biologie a biomedicíny.

Nejde o běžný vývoj podnikových aplikací – vytváříme infrastrukturu, která propojuje laboratorní přístroje, datová úložiště, repozitáře a výpočetní platformy a umožňuje výzkumníkům a výzkumnicím efektivně pracovat s experimentálními daty. Výsledky vaší práce budou mít přímý dopad na moderní vědecký výzkum.

Budete jedním z prvních technických členů týmu nově vznikajícího Servisního pracoviště správy výzkumných dat a digitálních služeb (Research Data Management and Digital Services). Dostanete prostor ovlivnit technologický směr, navrhovat řešení a postupně převzít odpovědnost za klíčové části celé platformy. Ve spolupráci s vedoucím týmu, data stewardem a výzkumnými pracovníky budete navrhovat a realizovat řešení od architektury až po produkční provoz.

Nově vznikající servisní pracoviště bude zajišťovat institucionální podporu v oblasti správy výzkumných dat a současně koordinovat vybrané digitální nástroje a informační systémy podporující výzkumnou činnost a služby servisních pracovišť. Cílem pracoviště je nastavit jednotné procesy a standardy pro správu výzkumných dat v souladu s principy FAIR, Open Science, požadavky poskytovatelů financování i relevantní legislativou, a zároveň poskytovat podporu při zavádění a rozvoji vybraných výzkumných informačních systémů.

Čemu se budete věnovat

• podílet se na návrhu a implementaci end-to-end řešení pro sběr a zpracování dat z laboratorních přístrojů,
• integrovat heterogenní systémy (laboratorní přístroje, databáze, úložiště a výzkumné platformy),
• navrhovat a udržovat datové modely pro experimentální data a metadata,
• vyvíjet backendové integrační služby a REST API,
• navrhovat řešení zajišťující spolehlivý a konzistentní přenos dat mezi systémy,
• podílet se na architektuře a rozvoji výzkumné datové platformy,
• pracovat s velkoobjemovými experimentálními daty (typicky desítky až stovky TB ročně ze sekvenačních a dalších laboratorních přístrojů).

Požadované technické dovednosti

• praktická znalost programování v Pythonu,
• dobrá znalost Linuxu,
• zkušenost s návrhem nebo implementací datových pipeline či integračních řešení,
• znalost relačních databází (PostgreSQL, MySQL nebo MariaDB) a SQL,
• zkušenost s REST API,
• orientace v principech ukládání dat (NAS, NFS, S3-kompatibilní úložiště),
• práce s Git,
• praktická znalost Bash; zkušenost s PowerShell je výhodou při integraci laboratorních zařízení provozovaných na platformě Windows,
• schopnost analyzovat technické problémy a navrhovat řešení,
• angličtina na úrovni umožňující práci s technickou dokumentací a komunikaci s dodavateli.

Výhodou je

• zkušenost s Dockerem nebo kontejnerizací,
• orientace v objektových úložištích (S3, MinIO, Ceph),
• zkušenost s workflow nástroji (Dagster, Airflow, Nextflow),
• znalost vědeckých datových formátů (FASTQ, BAM, CRAM, VCF, FCS, TIFF, OME-TIFF, HDF5),
• zkušenost s LIMS nebo ELN systémy,
• zkušenost z výzkumného nebo laboratorního prostředí,
• zájem o moderní správu výzkumných dat.

Co nabízíme

• možnost budovat výzkumnou datovou infrastrukturu od základů,
• významný vliv na návrh architektury a technologických řešení,
• práci s moderními technologiemi v oblasti biomedicínského výzkumu,
• spolupráci s výzkumníky, bioinformatiky a IT specialisty,
• odborný růst a zapojení do mezinárodních projektů,
• flexibilní pracovní dobu a možnost občasné práce z domova dle domluvy,
• stabilní dlouhodobé výzkumné prostředí.
• benefity (stravné, příspěvek na důchodové pojištění, příspěvky na dětskou rekreaci, příspěvek na očkování proti chřipce).
• sportovní zařízení v areálu (squash, volejbal, basketbal a fitness).

Koho hledáme

Tato pozice je vhodná pro Python vývojáře/vývojářku, backend vývojáře/vývojářku, Data Engineer/ku nebo Systémového integrátora/ku, který/á chce pracovat na infrastruktuře pro vědecký výzkum. Nemusíte znát všechny používané technologie – důležité jsou dobré technické základy a chuť učit se.

Budete se podílet na návrhu technických řešení, implementaci datových služeb a postupném rozvoji celé platformy. Očekáváme schopnost samostatně řešit technické úkoly, diskutovat návrhy řešení a aktivně přispívat k návrhu výsledného řešení.

Předpokládaný nástup

• Dle dohody. Možný ihned.

Přihláška do výběrového řízení by měla obsahovat

• strukturovaný profesní životopis,
• motivační dopis

Přihlášky zasílejte

Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Termín uzávěrky: 31. srpna 2026

Pro výběrové řízení na tuto pracovní pozici bude společnost Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i., IČO: 68378050, Vídeňská 1083, Praha, Krč, jakožto správce, zpracovávat Vámi poskytnuté (či z veřejných zdrojů získané) osobní údaje, a to v souladu s obecným nařízením o ochraně osobních údajů (EU) 2016/679. Odpovědí na tento inzerát poskytujete správci své osobní údaje za účelem a po dobu realizace výběrového řízení. V souvislosti se zpracováním Vašich osobních údajů máte příslušná práva: (i) na přístup k osobním údajům, (ii) na opravu či doplnění nepřesných nebo nepravdivých osobních údajů, (iii) na výmaz osobních údajů, nejsou-li již osobní údaje potřebné pro účely, pro které byly shromážděny či jinak zpracovány, anebo zjistíte-li, že byly zpracovávány protiprávně, (iv) na omezení zpracování osobních údajů ve zvláštních případech (v) na přenositelnost údajů a (vi) vznést námitku, po níž zpracování Vašich osobních údajů bude ukončeno, neprokáže-li se, že existují závažné oprávněné důvody pro zpracování, jež převažují nad Vašimi zájmy nebo právy a svobodami zejména, je-li důvodem případné vymáhání právních nároků a (vii) obrátit se na Úřad pro ochranu osobních údajů. Další informace o zpracování údajů společností Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i., IČO: 68378050, Vídeňská 1083, Praha, Krč, poskytuje pověřenec pro ochranu osobních údajů JUDr. J. Oliberiusová.

Zdroj: Ústav molekulární genetiky AV ČR