Základní roli v oblasti veřejné podpory hrají ve smyslu článku 107 – 109 SFEU Evropská komise a Rada EU, potažmo Evropský parlament. V rámci Evropské komise spadá problematika hospodářské soutěže včetně veřejné podpory do gesce Generálního ředitelství pro hospodářskou soutěž, které je její součástí. Velmi významná role přísluší také Soudnímu dvoru Evropské unie (SDEU), jehož judikatura je pramenem subsidiárního práva a pomáhá překlenout oblasti, které nejsou pokryté primárním a sekundárním právem.
Kompetence v oblasti veřejné podpory má i Evropský účetní dvůr jako nezávislý externí auditor EU chránící zájmy daňových poplatníků EU tím, že dohlíží na způsob, jakým Komise spravuje unijní rozpočet. Tím, že je oprávněn kontrolovat osoby a organizace, které hospodaří s prostředky EU, je povinen zjišťovat a upozorňovat na případy porušení předpisů při nakládání s prostředky EU včetně případů zjištěné nedovolené veřejné podpory.
V České republice je výkonem koordinační, poradenské, konzultační a monitorující činnosti v oblasti veřejné podpory (s výjimkou zemědělství a rybolovu) pověřen Úřad pro ochranu hospodářské soutěže (ÚOHS). V rámci své činnosti ÚOHS vydal shrnující materiál k modernizaci veřejné podpory a také doporučení pro poskytovatele při administraci veřejné podpory poskytované dle obecného nařízení o blokových výjimkách.
Oblasti veřejné podpory se z důvodu přímé závaznosti aktů na úrovni EU týká pouze několik českých norem. Jedná se především o zákon č. 2015/2004 Sb., o úpravě některých vztahů v oblasti veřejné podpory a o změně zákona o podpoře výzkumu a vývoje. Tento zákon upravuje výkon státní správy v oblasti veřejné podpory v České republice, práva a povinnosti poskytovatelů a příjemců veřejné podpory a podpory malého rozsahu a v neposlední řadě součinnost mezi Českou republikou a Evropskou komisí (EK).
Druhým předpisem je zákon č. 319/2006 Sb., o některých opatřeních ke zprůhlednění finančních vztahů v oblasti veřejné podpory a o změně zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty. Předpis upravuje evidenční povinnosti v souvislosti s veřejnou podporou u osob ovládaných subjekty veřejné správy. Podrobnosti o evidenci podpor malého rozsahu stanoví vyhláška č. 465/2009 o údajích zaznamenávaných do centrálního registru podpor malého rozsahu.
Úloha soudů ČR v oblasti veřejné podpory je obecně vymezena v Oznámení Komise o prosazování právní úpravy státní podpory vnitrostátními soudy (Oznámení Komise). Dle EK je jednou z nejdůležitějších úloh vnitrostátních soudů v oblasti veřejné podpory ochrana individuálních práv dotčených stran - soutěžitelů (např. konkurentů příjemce podpory).
Základní úloha, kterou v této souvislosti hrají vnitrostátní soudy, vyplývá ze skutečnosti, že vlastní pravomoci Komise chránit soutěžitele a ostatní třetí strany před protiprávní podporou jsou omezené. Komise nemůže přijmout konečné rozhodnutí nařizující navrácení podpory pouze z toho důvodu, že podpora nebyla oznámena podle čl. 88 odst. 3 Smlouvy o ES. Komise proto musí provést úplné posouzení slučitelnosti podpory bez ohledu na to, zda byla či nebyla splněna povinnost pozastavení. Toto posouzení může být časově náročné a pravomoci Komise vydat předběžné příkazy k navrácení podpory podléhají velmi přísným zákonným požadavkům.
V důsledku toho poskytují žaloby u vnitrostátních soudů soutěžitelům a ostatním třetím stranám dotčeným protiprávní státní podporou významný prostředek nápravy. Vnitrostátní soudy mohou nařídit zejména tato opatření:
- zamezení vyplacení protiprávní podpory;
- navrácení protiprávní podpory (bez ohledu na slučitelnost);
- uhrazení úroků z protiprávní podpory;
- náhradu škody pro soutěžitele a ostatní třetí strany; a
- předběžná opatření týkající se protiprávní podpory.
Úlohu vnitrostátních soudů v oblasti veřejné podpory vyjádřil i Nejvyšší soud ČR ve svém usnesení sp. zn. 23 Cdo 1341/2012 ze dne 25. 6. 2014, když konstatoval, že vnitrostátní soud má pravomoc posuzovat v řízení, zda se jedná o veřejnou podporu a zda na takovou podporu dopadá některá z výjimek, tj. zda je takovou podporu nutné před jejím poskytnutím oznamovat. Pokud dospěje k závěru, že došlo k porušení oznamovací povinnosti, je povinen chránit práva třetích osob, která byla řádným neoznámením dotčena. Pokud naopak dospěje k závěru, že se nejedná o veřejnou podporu, či že nebylo nutné takovou podporu oznamovat, žalobu zamítne.
