Šetří čas strávený v laboratoři a zároveň zprostředkuje podrobné informace o dějích třeba v nádorech nebo zánětech. Nový software, který vyvinuli vědci z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR ve spolupráci s kolegy z univerzity v německém Münsteru, výrazně urychluje a zjednodušuje popis chemických látek v tkáních.
Robin Schmid z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR
Nástroj umožňuje badatelům molekuly s jistotou identifikovat i zobrazovat jejich přítomnost v orgánech. Článek vyšel v prestižním vědeckém časopise Nature Communications.
Vědci software pojmenovali SIMSEF, což je zkratka pro Spatial ion mobility-scheduled exhaustive fragmentation. Kromě badatelů z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR a z univerzity v Münsteru se do práce na něm zapojili také vývojáři nejmodernějšího hmotnostního spektrometru TimsTOF fleX od společnosti Bruker Daltonics. Toto sofistikované zařízení umožňuje objasnit složení molekul pomocí měření pohyblivosti iontů na vysoké úrovni.
„Až dosud mohli vědci pomocí hmotnostního spektrometru zjistit, jaký je chemický vzorec sledované molekuly, ovšem když se pak podívali do databáze a snažili se tuto látku identifikovat, bylo to velmi obtížné. Vzorek totiž může obsahovat velké množství různých lipidů a jejich kombinací, které se biologicky často značně liší. Teď je díky novému algoritmu možné nahlédnout do nitra molekuly, zjistit, z čeho se skládá a dokonce porovnat obrázky mezi sebou,“ vysvětluje Robin Schmid, který projekt SIMSEF v Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR zaštiťuje.
Tímto způsobem lze podle něj získat například i tak podstatnou informaci, že určitá část mozku obsahuje odlišný typ lipidu, než jiná část tohoto orgánu. A taky, že se tento konkrétní lipid nevyskytuje v žádné jiné tkáni.
Schéma SIMSEF
Pravá ruka lékařů
Software SIMSEF vznikl ve spolupráci s lékaři z německých a švýcarských univerzit. Pro svět medicíny je zásadní zejména to, že urychlí detekování klinických biomarkerů pro diagnostiku. Velmi rychlé zjištění toho, zda mají lékaři co do činění s lipidem či metabolitem, který se nachází jen v nádorové táni, je totiž stěžejní v rozhodování o další léčbě.
Nový algoritmus je součástí otevřeného softwaru MZmine, který od roku 2005 pomáhá odborníkům po celém světě analyzovat data z hmotnostní spektrometrie.
„Podle mě je vždycky úžasné, když dalším lidem nejen umožníme vylepšovat pracovní podmínky pro jejich výzkum, ale taky o něm komunikovat s ostatními odborníky. Díky zpětné vazbě ze strany vědecké komunity v MZmine se posouvají i samotné výsledky bádání,“ dodává Robin Schmid.
Pomocník jménem MZmine
U zrodu MZmine stál jeho kolega z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR Tomáš Pluskal, který mezinárodní projekt koordinuje. Třetí generace tohoto softwaru, o níž letos na jaře informoval časopis Nature Biotechnology, dokáže zpracovat až osm tisíc vzorků během hodiny. Člověku by přitom manuální analýza jediného z nich zabrala půl roku. Nově vyvinuté algoritmy tohoto projektu dál rozšiřují jeho stávající možnosti včetně kombinování dat z analytických a zobrazovacích metod, což dosud žádný akademický ani komerční software neumožňoval.
„O strojovém učení a umělé inteligenci dnes mluví všichni. Naši kolegové z týmu Tomáše Pluskala ji už využívají k řešení velmi specifických problémů ve výzkumu i klinické praxi,“ podotýká ředitel Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR Jan Konvalinka.
Autorka: Radka Římanová
Zdroj: Akademie věd ČR
- Autor článku: ne
- Zdroj: Akademie věd ČR
