V této debatě bohužel nepanuje dostatečné porozumění a srozumění mezi vědeckou komunitou a politickou reprezentací resp. veřejností. Vědecká obec, zejména pak managementy výzkumných institucí, by přirozeně preferovala financování institucionální, a to z řady důvodů: stabilita a předvídatelnost, ale také možnost institucí určovat a dlouhodobě sledovat určitou strategii, vybírat témata, na která instituce vsadí a zaměří na ně svojí výzkumnou kapacitu. Preference určitých témat v grantových schématech naopak může být ovlivněna i módou, bez ohledu na dlouhodobou nosnost. Institucionální financování vědy je proto do jisté míry jednou ze záruk akademické svobody, neboť při přemíře projektových zdrojů jsou priority instituce, její personální kroky a zejména pak výběr témat vědeckého bádání významně ovlivněny rozhodnutími mimo výzkumnou instituci, někdy i mimo vědeckou komunitu jako takovou.
Z pohledu veřejnosti a politické reprezentace nicméně institucionální financování čelí jisté míře apriorní nedůvěry, neboť povahu a relevanci směru a výsledků vědeckého bádání je pro neodborníky občas obtížné posoudit. Institucionální financování vědy proto z vnějšího pohledu tak trochu zavání akademickým socialismem a absencí odpovědnosti za výsledky vlastní práce. Naopak granty mají kouzlo soutěže, která znamená, že vědci pro získání peněz musí něco udělat. Absolutizace významu soutěže ovšem dospěla tak daleko, že už samotné přidělení grantu se stalo měřítkem úspěchu, ačkoli jde „pouze“ o poskytnutí peněz na určitý výzkumný projekt, jehož výsledky jsou zatím v očekávání.
Diskuse o tom, jak nejlépe a nejefektivněji financovat vědu, se periodicky vrací, a fundovaný vstup k tomuto tématu poskytl nedávno např. Václav Hořejší v článku Přebujelý grantový systém základnímu výzkumu spíše škodí ... Jedna dimenze problému s financováním vědy však obvykle není příliš vnímána.
Problémem financování vědy v České republice není primárně samotný poměr mezi institucionálními a grantovými prostředky, a z toho vyplývají otázky předvídatelnosti, strategického směřování výzkumu, stability pracovních podmínek vědců a míry jejich zátěže sepisováním projektových žádostí, obnovitelnosti přístrojového vybavení a možnosti zaměřovat výzkum na nová, neortodoxní vědecké témata, která jdou „proti proudu“ – jakkoli všechny tyto a další otázky jsou velmi relevantní a závažné. Základním problémem financování české vědy je vnitřní dluh, který se v chodu výzkumných institucí vytváří.
Dobrou zprávou je, že tento problém by mohl být relativně snadno řešitelný. Samotný poměr institucionálního a grantového financování bývá v různých zemích různých. V českém prostředí je oblíbený příklad Německa, kde zejména v základním výzkumu existuje robustní institucionální financování, které pokrývá až 80 % rozpočtu výzkumných institucí (ústavy Max-Planck). Existují však i příklady zemí nesporně úspěšných ve výzkumu, jako jsou Spojené státy, kde je financování výzkumu velmi významně závislé na grantech. Pak je ovšem zásadní nastavení grantů, zejména jakým způsobem granty zohledňují potřebu zajistit vlastní provoz instituce.
Aby vůbec bylo možné o nějaký grant požádat a přijmout jej k řešení, musí výzkumná instituce existovat; potřebuje postavit nebo pronajmout budovu, ve které je třeba svítit, topit a uklízet. Musí být pořízeno základní přístrojové vybavení a zajištěna jeho provozuschopnost a technická obsluha. Je potřeba administrativní podpora, jako v každém podniku, aby běžela účtárna, personalistika, IT a další oblasti chodu instituce. Nakonec je potřebný i nějaký management, aby to celé organizoval.
To vše něco stojí a tím se dostáváme k jádru problému. Systémy s vysokým podílem grantových prostředků na financování vědy (viz USA) zahrnují do vědeckých grantů také adekvátně vysoký podíl tzv. nepřímých nákladů čili režie, tedy nákladů, které lze uhradit z projektu, aniž by bylo nutné prokazovat jejich přesný vztah k projektovým činnostem. Snažit se dobrat, v jakém podílu vědec s úvazkem 0,2 na určitém projektu využívá přesně pro tento projekt např. IT služby, by totiž mohlo být dost úmorné a méně efektivní, než přiznat režijní financování paušálně. V americkém systému dokonce výše režie v grantu může být s jednotlivými institucemi negociována na základě analýzy provozních nákladů instituce potvrzené auditorem; americké projektové režie činí obvykle kolem 50 % objemu grantu, v řadě případů i více.
Český systém financování vědy míchá pro vědecká pracoviště umrtvující koktejl tím, že kombinuje nízký podíl institucionální podpory s nízkým podílem režií v grantových prostředcích. Tím na výzkumných institucích vzniká vnitřní dluh. Projevuje se absencí nebo malou funkčností některých služeb vědcům obvyklých jinde v západní Evropě a někdy také plíživou změnou priorit instituce, která v potřebě přece jen nějak pokrýt náklady na vlastní provoz zaměřuje se na projekty, které rozvíjí spíše administrativu než vědu. Český problém umocňuje nastavení evropských grantových schémat, která rovněž pracují s relativně nízkou režií. Ve vědecky významných zemích západní Evropy, zejména v Německu, dostávají totiž výzkumné ústavy dostatek prostředků institucionálně, takže jim nastavení grantových podmínek v principu nevadí.
Zatímco se roky vedou (dle výsledku zatím spíše plané) debaty o změně podílu institucionálního a grantového financování výzkumu, je otázka nastavení režií v grantech relativně snadno změnitelná, neboť je v zásadě v administrativní pravomoci poskytovatelů grantové podpory. Nevyžaduje změnu legislativy. Pokud chceme v krátkém čase udělat něco pro lepší podmínky v české vědě, měli bychom zaměřit pozornost na tento problém a něco s tím udělat.
